ファイルを右クリックして、「このアプリケーションで開く」で、同じアプリが重複表示されていたり、すでに削除したアプリが表示されている場合は、以下で解決できるかも。（私は出来た）

ターミナルで以下を実行します。

/System/Library/Frameworks/CoreServices.framework/Versions/A/Frameworks/LaunchServices.framework/Versions/A/Support/lsregister -kill -r -domain local -domain user

これで、重複したアプリがなくなります。あとはFinderを再起動するだけ。
Finderの再起動は以下を実行。

killall Finder