EC-CUBEのカスタマイズで、テンプレートに記述したJavaScriptが反映されなくて困りました。
調べてみると、Smarty内でscriptを使うにはそのタグの外側を{literal}{/literal}で囲わなくちゃいけないらしい。

{literal}
<script type=&quot;text/javascript&quot;>
//<![CDATA[
function hoge(){
  あああああ
}
//]]>
</script>
{/literal}

EC-CUBEのテンプレートではこんな感じ。

<!--{literal}-->
<script type=&quot;text/javascript&quot;>
//<![CDATA[
function hoge(){
  あああああ
}
//]]>
</script>
<!--{/literal}-->