MacでFinderから圧縮したいディレクトリを右クリックで圧縮すると不要なファイルまで一緒に圧縮されてしまいます。
例えば、.DS_Storeファイルや.__MACOSXディレクトリなんかがそうです。

macOS上では隠しファイルなので気になりませんがWindowsユーザーにしてみたら「何これ？」って感じになってしまいます。ご理解いただいているWindowsユーザーさんは7-Zip等を使って削除してくださっている場合もありますが、そもそも送り手が消しておいた方がいいと思います。

というわけで、これらの不要なファイルを含まずに圧縮する方法です。
不要なファイルを含まずに圧縮できるアプリを使う方法もありますが、ここではアプリには頼らずターミナルを使いコマンドで対応したいと思います。

ターミナルで圧縮したいファイルがあるディレクトリに移動してから、zipコマンドを実行します。

例）デスクトップに移動して「hoge」というディレクトリを圧縮する場合

$ cd desktop
$ zip hoge.zip -r hoge/ -x "*.DS_Store"

コマンドで圧縮すると.__MACOSXディレクトリは生成されません。
そこにこの書き方で.DS_Storeファイルが除かれます。これで不要なファイルを含まず圧縮できました。