iOS8からの機能で、iPadからiPhone経由の着信、発信ができるようになりました。
正確には、iPadだけでなく、Macでも、AppleIDで紐付けされているFaceTimeが同じWi-Fi環境にいるとこの機能が有効になります。便利に使いこなせるなら問題ありませんが、電話のたびにiPhoneもiPadもMacも鳴ったらちょっとうっとおしいという方もいるでしょう。

というわけで、この機能をオフにする方法です。
鳴る必要のないデバイス、今回ならiPadの「設定」->「FaceTime」の「iPhoneから通話」をオフにします。
これだけ。